Juan Orrego Salas nació en Santiago de Chile en 1919. Realizó sus estudios de Humanidades en el Liceo Alemán. Luego, se recibió como Bachiller en Historia y Letras e ingresó a la Escuela de Arquitectura de la Universidad Católica de Chile, profesión de la que se tituló en 1943.
Sus primeros estudios musicales los realizó en el Conservatorio Nacional de Música, formado inicialmente por Pedro Humberto Allende y Domingo Santa Cruz, y completó sus estudios de composición con Aaron Copland y Randall Thompson, en Estados Unidos.
Fue profesor en la Facultad de Música de la Universidad de Chile. Además fue fundador y primer director del Instituto de Música de la Universidad Católica. En 1961 fue nombrado Profesor Titular de la prestigiosa Escuela de Música de la Universidad de Indiana, donde creó y dirigió el Centro de Música Latinoamérica, que se ha convertido en el centro de documentación más importante del área.
Gracias a su prolífica carrera, constituida por más de 120 registros, ha sido ampliamente reconocido tanto nacional como internacionalmente. Entre estas distinciones destaca su posición como Doctor Honoris Causa de la Universidad Católica de Chile (1971), Premio de Cultura Interamericana Gabriela Mistral, otorgado por la O.E.A (1971), y Premio Nacional de Artes Musicales 1992, que entrega el Estado de Chile.