María Eugenia Horvitz obtuvo su título de profesora de Estado en Historia, Geografía y Educación Cívica en la Universidad de Chile en 1966. Se desempeñó como ayudante y luego como académica a partir de 1963. Entre 1972 y 1973 fue directora del Departamento de Historia de la Facultad de Filosofía y Educación de la Universidad de Chile.
Luego del Golpe de Estado, en Francia, obtuvo el magíster en Historia en Universidad de Paris I, Panthéon-Sorbonne en 1974 y el D.E.A. en Historia Económica y Social en 1979.
Entre 1979 y 1988 fue consultora de la UNESCO.
En 1992 se reincorporó a la Universidad de Chile. Entre 1997 y 2002 fue coordinadora del Programa de Magíster en Historia. En el año 2002 fue directora de Bienestar Estudiantil de la Universidad de Chile. El año 2008 se convirtió en directora del Departamento de Ciencias Históricas de la Facultad de Filosofía y Humanidades de la Universidad de Chile.
Fue vicedecana de la Facultad de Filosofía y Humanidades durante el decanto de la Prof. María Eugenia Góngora, entre los años 2010 y 2015.
Como docente de pre y postgrado impartió clases sobre historia de la historiografía; historia europea del siglo XIX; cine, memoria e historia reciente; destierros e inmigraciones del Cono Sur; memoria e historiografía; y exilio, migración y solidaridades transnacionales.
Recientemente fue homenajeada por la Universidad de Chile, recibiendo de manos del Rector Ennio Vivaldi la medalla dedicada a funcionarios y académicos acogidos a retiro.