Si bien se muestra respetuoso del esfuerzo de las universidades privadas, el futuro rector de la Universidad de Chile defiende la vocación de una institución pública, asegurando que de eso depende mucho la libertad y la autonomía en los distintos proyectos que acomete. Respecto del financiamiento de las universidades públicas, Ennio Vivaldi destaca que lo más importante y novedoso en lo ideológico, desde 1990 a la fecha, es lo planteado por el ministro de Educación, Nicolás Eyzaguirre, quien ha dicho abiertamente que “si al Estado le corresponde realizar algún tipo de investigación, éste tiene todo el derecho a encomendársela a sus universidades” .
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