El médico fue sancionado en 2016 por conductas con características de nepotismo, luego que su hija fuera becada en un recinto hospitalario dependiente del Servicio de Salud del que Juan Manuel Toso era director en ese momento.
El Director Nacional del Servicio Jesuita a Migrantes, Pablo Valenzuela, dijo que la medida estudiada por el venidero gobierno de Sebastián Piñera no haría más que perder el control sobre el ingreso de inmigrantes al territorio. Por su parte, Eduardo Thayer, Presidente del Consejo Consultivo de Migraciones, tildó la iniciativa como irresponsable.
Nuevamente se ha hecho sentir el descontento de los trabajadores del diario La Nación. En conjunto a una serie de actores sociales, políticos y trabajadores, se manifestaron en contra del proceso de licitación que se está llevando a cabo y que termina el 16 de enero, situación que espera se frene con la intervención de las autoridades adherentes.
