El 20 de abril de 2011 el papa Benedicto XVI lo nombró arzobispo de Concepción. Chomalí es actualmente el vicepresidente de la Conferencia Episcopal de Chile.
El Te Deum Ecuménico estuvo cargado de controversia por la agenda valórica y por la decisión del Ejecutivo de apresurar la ley del matrimonio igualitario.
Según el documento judicial que relata el abuso cometido por el sacerdote Tito Rivera, los antecedentes habrían sido conocidos por el arzobispo de Santiago. La víctima asegura que encubrió el hecho.
Para la académica Claudia Leal y el ex vocero de la Asociación Laicos de Osorno, Juan Carlos Claret, esto tendría un gran impacto sobre las víctimas de abuso sexual de la iglesia, dado que el juicio por encubrimiento al actual arzobispo de Santiago aún no termina.
Expertos en el tema eclesiástico aseguraron que la medida tomada por el Vaticano podría repetirse prontamente con la figura del Arzobispo de Santiago, Ricardo Ezzati, quien, al igual que Errázuriz, está involucrado en investigaciones judiciales por eventual encubrimiento de abusos sexuales al interior de la Iglesia Católica.
James Hamilton, Juan Carlos Cruz y José Andrés Murillo solicitaron al cardenal chileno marginarse de participar en el cónclave papal, debido a que no tendría la “calidad moral” para hacerlo por haber encubierto los abusos del ex párroco de El Bosque. Errázuriz calificó la petición como “injusta” y el arzobispo de Santiago llamó a “no hablar en base a suposiciones”.
